Birth by Sleep
Essa é a história de Aqua, Terra e Ventus. Três estudantes do mestre Eraqus, um dos último sábios das artes das Keyblades. Terra e Aqua estão mais próximos de se tornarem mestres e realizam o exame da Mark of Mastery. Essa prova mostra se alguém está pronto para assumir o título de Mestre e receber todos os poderes e responsabilidades que isso carrega. Aqua passa, mas Terra quase se deixa levar pelo poder das Trevas e falha no exame. Xehanort, colega de Eraqus,percebe esse lado em Terra e começa a colocar um plano em prática.
O jogo traz uma história contada pelas perspectivas dos três personagens, enquanto eles exploram os diversos mundos tentando acabar com a ameaça dos Unversed. Durante a jornada, muitos deles, principalmente Ventus, são confrontados com verdades dolorosas.
Nenhuma das três histórias possui um final feliz.
Terra acaba sendo consumido por Xehanort e se torna o novo corpo do vilão. Ventus é fundido com Vanitas, seu lado negro, na tentativa de Xehanort para recriar a χ-blade. O resultado acaba sendo imperfeito e Ventus acaba em uma espécie de coma, enquanto seu coração (sua alma) acaba despedaçada. Aqua, tentando salvar seus dois amigos, é forçada a combater Terra sob o domínio de Xehanort e é presa no Mundo das Trevas.
A partir daí, Terra/Xehanort acaba por se tornar discípulo de um cientista chamado Ansem. Ele acaba usurpando o cargo e a identidade de Ansem e começa a fazer experiências com o lado negro dos corações. Ele separa o corpo e o coração dos vários pupilos de seu antigo mestre, inclusive seu próprio. Essa ocorrência abre as portas para que os Heartless, seres nascidos das Trevas dos corações, passem a invadir diversos mundos. Essa sequência de eventos nos leva à história de Sora e seus amigos.
